В Институте успешно работают научные школы, две из них имеют гранты Президента Российской Федерации для государственной поддержки ведущих научных школ РФ. Это научные школы академиков А.Э. Конторовича и М.И. Эпова.
Научная школа Фундаментальные и прикладные проблемы геологии нефти и газа

Руководитель: академик Конторович Алексей Эмильевич

Сибирская школа геоэлектрики

Руководитель: академик Эпов Михаил Иванович