Cтруктура Института включает 35 научно-исследовательских лабораторий. Восемь лабораторий объединены по направлению геология нефти и газа, пять — стратиграфия, палеонтология и седиментология, двенадцать — геофизика, две — геофизическое и геохимическое приборостроение, шесть — в три территориально обособленных подразделения (филиалы). Также в Институте работают лаборатория геодинамики и палеомагнетизма, Арктический центр с научно-исследовательской станцией «остров Самойловский» и Информационно-аналитический центр. В Институте и его филиалах функционируют аппараты управления, научно-вспомогательные подразделения, производственно-технические службы.

Основная структура Института утверждена Ученым советом 14.04.2006 г., протокол № 5, с изменениями: 27.04.2007 г., протокол № 5; 15.10.2007 г., протокол № 9; 20.03.2008 г., протокол № 3; 20.06.2008 г., протокол № 7; 12.08.2008 г., протокол № 9; 22.04.2009 г., протокол № 4; 29.03.2010, протокол № 5; 6.08.2010, протокол № 10; 9.09.11, протокол № 13; 29.06.2012, протокол № 8; 29.10.2012, протокол № 10; 24.12.2012, протокол № 14; 28.02.2013, протокол № 3; 27.12.2013, протокол № 17.

заместитель директора по научной работе
Парфенова Татьяна Михайловна
заместитель директора по научной работе
Сенников Николай Валерианович
заместитель директора по научной работе
Кулаков Иван Юрьевич
главный инженер
Сидоренко Андрей Иванович
директор филиала
Курчиков Аркадий Романович
директор филиала
Лепокурова Олеся Евгеньевна
директор филиала
Ермилов Олег Михайлович