Рассмотрена проблема выделения и учета вековой вариации геомагнитного поля на исследовательских геодинамических полигонах. Предложена методика выделения вековой вариации геомагнитного поля на участках земной поверхности с линейными размерами порядка 100-500 км на основе высокоточных данных геомагнитных наблюдений. По мнению большинства исследователей, источники вековой вариации находятся в жидком ядре и удалены от поверхности Земли не менее чем на 3000 км. При этом размеры исследовательских полигонов составляют ~500 км. Не вдаваясь в конфигурацию источника вековой вариации, ясно, что в силу различных глубин источников вековой вариации (в жидком ядре) и тектономагнитных аномалий (до границы Кюри ~10-20 км) поверхность, представляющая собой пространственное изменение вековой вариации, должна обладать меньшей кривизной, чем кривизна поверхности, представляющая пространственное изменение тектономагнитных аномалий. Таким образом, задача сводится к разделению полей от источников, находящихся на существенно разных глубинах. Построение полиномиальной поверхности, интерполирующей вековую вариацию, позволило произвести ее учет с точностью не хуже 0.5 нТл. Апробация методики произведена по данным ежегодных высокоточных геомагнитных наблюдений, выполненных на более чем 30 пунктах геодинамического полигона в Горном Алтае за период 2004-2018 гг. Показано, что в случае Алтайского полигона (линейные размеры ~120 км) для данного периода наблюдений в качестве поверхности, интерполирующей пространственное изменение вековой вариации, может использоваться поверхность второго порядка. Предложенная методика позволила произвести учет и исключение вековой вариации из данных высокоточных магнитных наблюдений. Учет вековой вариации позволил выделить тектономагнитные аномалии величиной до 12 нТл, которые до этого в явном виде не проявлялись. Наблюдается пространственная приуроченность положительной аномалии величиной около 3 нТл к области сейсмодислокации Чуйского землетрясения 27.09.2003, M_w = 7.3.